年检是指中国绿色食品发展中心及中心委托省、市、自治区管理机构对获得绿色食品标志使用权的企业在一个标志使用年度内的绿色食品生产经营活动、产品质量及标志使用行为实施的监督、检查、考核、评定等。
所有获得绿色食品标志使用权的企业在标志有效使用期内，每个标志使用年度均必须进行年检。
年检工作由中国绿色食品发展中心及中心委托管理机构负责组织，有条件的市、县绿色食品管理机构配合实施。
年检工作的实施主要采取产品质量年度抽检和对企业实地检查方式，并进行综合考核评定。
年检的主要内容包括企业的产品质量及其控制体系状况、规范使用绿色食品标志情况和按规定缴纳标志使用费情况等。
种植企业应重点检查病、虫、草害防治及投入品管理情况；养殖企业应重点检查防疫、检疫制度的建立和执行情况，饲料及饲料添加剂及药品的来源和使用情况；食品加工企业应重点检查绿色食品原料购销合同执行情况，生产工艺变化和食品添加剂使用情况。
实地检查是指对企业的绿色食品产品和原料生产及管理状况进行现场检查。
实地检查由省、市、自治区管理机构组织实施，市、县管理机构予以配合。
实地检查在产品生产和作物生长期间实施。
省、市、自治区委托管理机构收到检查组报送的《实地检查考核表》和其它相关材料后5个工作日内做出实地检查结论。实地检查考核满分为120分，90分以上为合格，90分以下（含90分）为整改，50分以下（含50分）为不合格。
对实地检查考核不合格的企业取消其标志使用权。实地检查考核为整改的企业必须于接到通知之日起一个月内完成整改，验收不合格的将取消其标志使用权。
因年检不合格被取消绿色食品标志使用权的，一年内不受理其绿色食品标志使用申请，再行申请时按重新申报企业处理。
企业对实地检查考核结果和年检结论如有异议，可在接到通知之日起15天内，向委托管理机构书面提出复议申请或直接向中心申请仲裁，但不可同时申请复议和仲裁；对复议结果不服的，可在接到通知15日内向中心申请仲裁。
年检后应进行证书核准，未经核准的证书视为无效。核准的方式为：2003年3月1日前颁发的证书实行核准换证；2003年3月1日后颁发的证书实行核准盖章。即在证书上加盖“年检合格”章。
年检合格的企业应于标志年度使用期满前20日向所在省、市、自治区委托管理机构申请核准证书。核准程序如下：
（1）企业向委托管理机构提出核准申请并提交原证书；
（2）委托管理机构对企业的申请进行审核，由监管员和主管部门负责人分别签署审核意见后报分管领导核准；
（3）经办人分别按以下条款办理：
a 实行年检换证的，将企业的《核准证书申请表》及原证书一并上报中心换证，中心复核后将新证书经由委托管理机构颁发给企业；
b 实行年检盖章的，在原证书上加盖年检章。
企业应在标志使用年度期满前一个月内缴纳下一年度的标志使用费，并及时将缴费凭据复印件报送省、市、自治区委托管理机构。逾期不缴纳标志使用费的将取消其标志使用权。