以商标标志委托管理的方式，组织全国的绿色食品管理队伍是绿色食品事业的一大特色。
绿色食品是改革开放和市场经济的产物，必须按市场规律办事。从市场宏观形势看，绿色食品的国际市场比国内市场成熟；国内沿海开放地区的市场需求比中西部欠发达地区的需求大；从消费人群结构分析，绿色食品的消费者明显偏重于高收入阶层和高知识阶层；从生产地的生态环境条件和开发产品的迫切性而言，北方地区优于南方地区等。绿色食品的管理形式，必须服从于其工作内容，如果不顾上述这些客观差异，而习惯地以一纸“红头命令”“一刀切”地组建全国各地的管理机构，不仅收不到应有的工作效果，还会造成不必要的浪费。
本着“谁有条件和积极性就委托谁”的原则，委托各地相应的机构管理绿色食品标志，不仅体现了因地制宜、因人制宜、因时制宜的求实态度，而且对绿色食品事业长期健康稳定发展十分有益。其优点是：
(一)变行政管理为法律管理。实施标志委托管理，被委托机构获得相应管理职能的同时，即承担了维护标志法律地位的严肃义务。因为此时的标志管理，实际是一种证明商标的管理，此时的被委托机构，形同商标注册人在地域上的延伸，被委托机构和绿色食品企业的关系犹如商标注册人和被使用许可人的关系，一切管理措施都得以《中华人民共和国商标法》为依据。也就是说其管理行为已超越了行政管理的范围，被法律化、格式化了。这对于一个关系人民健康的崭新事业而言，意义极其深远。
(二)充分体现自愿原则。因为所有的委托都是在自愿的基础上进行的，所以被委托机构的积极性和主动性成为事业发展的先天优势。对各被委托机构而言，投身绿色食品事业是“我要于”而不是‘“要我干”。另一方面，委托是在有条件和有选择的前提下进行的，从而在主观积极性的基础上又考虑了客观条件，尽可能做到内因与外因的有机结合。
(三)引入竞争机制。实施标志的委托管理，本身即意味着打破了“岗位终身制”。每一个被委托机构都可能因丧失了其工作条件或责任心而随时失去被委托的地位，每一个不在委托之列的机构都存在竞争获得委托的机会。因而，委托管理制引入了竞争机制，而竞争则可以带来生机，竞争才能加速发展。
(四)体现绿色食品的社会化特点。实施标志的委托管理，打破了行业界限和部门垄断，符合绿色食品质量控制从土地到餐桌一条龙的产业化特点，也体现了绿色食品“大家的事业大家办”的社会化特点，不仅有利于吸收各行业人士的关心和支持，而且有利于绿色食品在相关各行业的发展。从质量认证的角度看，实施委托管理的方式，符合认证、检查、监督相分离的原则，更充分地体现了绿色食品认证的科学性和公正性。
目前，中国绿色食品发展中心已在全国30多个省、市、自治区委托了绿色食品标志管理机构，形成了一支网络化的管理队伍。这些委托管理机构形成了区域性的分中心，对区域绿色食品发展起到重要作用；从宏观角度看，他们又是事业网络中必不可少的结点，承担着宣传发动、检查指导、信息传递等重要任务，对事业的兴衰成败起着非常重要的作用。这支队伍具有自己鲜明的特色：事业心强，有活力，不论所在单位是行政性的还是事业性的，均不受干扰，直接对委托人负责，对法律负责。
全国绿色食品管理机构名录