中国绿色食品发展中心成立于1992年，是负责全国绿色食品开发和管理工作的专门机构，隶属农业部，与农业部绿色食品管理办公室合署办公。内设：综合处、标志管理处、认证处、科技与标准处、计划财务处、国际合作处等部门。在全国组建设立了42个地方绿色食品管理机构，定点委托了38个绿色食品产品质量检测机构，71个绿色食品产地环境监测机构。 
    中国绿色食品发展中心的主要职能是：受农业部委托，制定绿色食品发展方针、政策及规划，组织制定和推行绿色食品的各类标准；依据标准，认证绿色食品；依据《农产品质量安全法》、《中华人民共和国商标法》，实施绿色食品产品质量监督和标志商标管理；组织开展绿色食品科研、示范、技术推广、培训、宣传、国际交流与合作等工作；指导各省市区绿色食品管理机构的工作；组织、协调绿色食品产地环境和产品质量监测工作。