为了进一步加强绿色食品检查员队伍建设，提高绿色食品认证工作的质量和水平，促进事业持续健康发展，国家中心结合绿色食品认证工作实践，对2003年颁布试行的《绿色食品检查员注册管理办法》进行了总结、调整和完善，2009年5月11日颁发修订后的《绿色食品检查员注册管理办法》。2003年11月颁布的《绿色食品检查员注册管理办法》（试行）同时废止。