1990年5月15日，中国正式宣布开始发展绿色食品。中国绿色食品事业经历了以下发展过程：提出绿色食品的科学概念→建立绿色食品生产体系和管理体系→系统组织绿色食品工程建设实施→稳步向社会化、产业化、市场化、国际化方向推进。
第一阶段，从农业部启动的基础建设阶段(1990一1993年)
1990年，绿色食品工程在农垦系统正式实施。在绿色食品工程实施后的三年中，完成了一系列基础建设工作，主要包括：在农业部设立绿色食品专门机构，并在全国省级农垦管理部门成立了相应的机构；以农垦系统产品质量监测机构为依托；建立起绿色食品产品质量监测系统；制订了一系列技术标准；制订并颁布了《绿色食品标志管理办法》等有关管理规定；对绿色食品标志进行商标注册；加入了“有机农业运动国际联盟”组织。与此同时，绿色食品开发也在一些农场快速起步，并不断取得进展。1990年绿色食品工程实施的当年，全国就有127个产品获得绿色食品标志商标使用权。1993年全国绿色食品发展出现第一个高峰，当年新增产品数量达到217个。
第二阶段，向全社会推进的加速发展阶段(1994年一1996年)
这一阶段绿色食品发展呈现出五个特点：(1)产品数量连续两年高增长。1995年新增产品达到263个，超过1993年最高水平1.07倍；1996年继续保持快速增长势头，新增产品289个，增长9.9％。(2)农业种植规模迅速扩大。1995年绿色食品农业种植面积达到1700万亩，比1994年扩大3.6倍，1996年扩大到3200万亩，增长88.2％。(3)产量增长超过产品个数增长。1995年主要产品产量达到210万吨，比上年增加203.8％，超过产品个数增长率4.9个百分点；1996年达到360万吨，增长71.4％，超过产品个数增长率61.5个百分点，表明绿色食品企业规模在不断扩大。(4)产品结构趋向居民日常消费结构。与1995年相比，1996年粮油类产品比重上升53.3％，水产类产品上升35.3％，饮料类产品上升20.8％，畜禽蛋奶类产品上升12.4％。(5)县域开发逐步展开。全国许多县(市)依托本地资源，在全县范围内组织绿色食品开发和建立绿色食品生产基地，使绿色食品开发成为县域经济发展富有特色和活力的增长点。
第三阶段，向社会化、市场化、国际化全面推进阶段(1997年一2007年)
中国绿色食品发展的现状
（一）产品总量初具规模。2002—2007年，绿色食品认证企业和产品增长速度分别达到21.8％和30.8％。据初步统计，2007年底，绿色食品主要产品产量约占全国同类产品总量的5－8％。绿色食品种植业产地面积940万公顷，占全国耕地总面积的7.2％。截至今年10月底，全国绿色食品企业共有6160家，产品17647个。绿色食品在总量稳步扩大的同时，产品结构不断优化，初级产品比重降至37.2％，加工产品已占62.8％，地方名特优产品日益增多，园艺、畜牧、水产等具有出口竞争优势的产品比重逐步提高。
（二）标准体系逐步完善。按照“从土地到餐桌”全程质量控制的技术路线，参照发达国家农产品和食品质量安全标准，绿色食品建立起了科学、严格、系统的标准体系，整体达到或超过国际先进水平。绿色食品标准体系主要由四部分组成：产地环境质量标准、生产过程技术标准、产品质量安全标准、包装标识标准。目前，农业部发布的绿色食品标准有102项，地方发布的标准有235项，合计337项。
（三）认证规范基本建立。绿色食品以标准化生产为基础，实行产品认证与证明商标管理相结合的基本制度。按照国家认证认可的基本要求，结合农产品认证的特点，绿色食品建立了体系完整、程序规范的认证制度，保证了认证的有效性。绿色食品认证程序主要是依据标准，对产地环境、产品生产加工过程及投入品的使用管理、产品质量检测、产品包装和储运等进行现场检查、审核和评定。依据我国《商标法》，通过认证的企业许可使用绿色食品标志。绿色食品标志是在中国国家商标局注册的证明商标，现已分别在日本、香港、美国、俄罗期注册，在英国的注册已进入公告期，在法国、葡萄牙、芬兰、澳大利亚和新加坡的注册也已进入实质性审核阶段。
（四）监管制度全面推行。为了保证获证产品质量，规范企业使用标志行为，维护市场秩序，绿色食品现已建立并推行了企业年检、产品抽检、市场监察、产品公告四项基本监管制度。企业年检主要是检查督促落实绿色食品标准化生产；产品抽检主要是发现和处理质量不合格产品；市场监察主要是纠正违规使用标志行为，查处假冒产品；产品公告主要是公开获证和退出产品信息。近三年，全国每年有15％以上的绿色食品产品被纳入抽检计划，产品质量抽检合格率稳定保持在98％以上。今年，供应北京奥运的绿色食品产品质量抽检合格率达到100％。全国有40多个大中城市的400多个超市等商业网点被纳入绿色食品标志市场监察范围，企业用标合规率超过96％。
中国绿色食品发展对现代农业建设的推动作用
我国农业发展进入新阶段以后，现代农业建设步伐明显加快。发展绿色食品，体现了高产、优质、高效、生态、安全现代农业发展的基本目标和方向。近几年，随着绿色食品发展规模的不断扩大，品牌效应的不断增强，绿色食品对加快我国现代农业建设进程日益发挥积极的作用。
（一）促进了农业标准化生产。绿色食品实施“环境有监测、操作有规程、生产有记录、产品有检验、上市有标识”的全程标准化生产模式，促进了广大农民优选品种、合理施肥、科学用药，推动了农业科学技术进步，提高了农产品质量安全水平，实现了农产品质量可追溯。依托我国优势农产品产业带建设，绿色食品现已创建大型标准化原料生产基地219个，基地面积5635万亩，生产总量2900万吨，带动640多万农户参与了标准化生产。
（二）促进了农业产业化经营。绿色食品发展推行以“品牌标志为纽带、龙头企业为主体、基地建设为依托、农户参与为基础”的产业化经营方式，提高了农业生产组织化程度和社会化服务水平，强化了企业与农户的利益联结机制，延长了农业产业链条，实现了企业增效、农民增收。2007年，获得绿色食品认证的国家级农业产业化龙头企业达到315家，占35％，省级农业产业化龙头企业达到912家，约占20％，农民专业合作经济组织3500多个，超过10％。
（三）促进了农业市场化进程。绿色食品发展坚持以市场为导向，把质量安全与经济效益紧密联结起来，把标准化与品牌化有机结合起来，把产品开发与市场流通有效对接起来，促进了农产品优质优价市场竞争机制的形成。近几年，通过品牌宣传和产品促销，搭建贸易平台，绿色食品发展呈现出“品牌引导消费、市场拉动生产”的良好局面。特别是通过发挥绿色食品的质量优势、产品优势和品牌优势，有效打破了农产品国际贸易技术壁垒，促进了中国农产品扩大出口。2007年，绿色食品产品国内销售额接近2000亿元，出口额超过21亿美元，约占全国农产品出口总额的7％，已连续5年保持20％以上的增长速度。
（四）促进了农业可持续发展。绿色食品发展倡导保护生态环境，促进农业可持续发展的基本理念，推行“保护环境、清洁生产、健康养殖”的可持续生产方式，实现了农业投入品的科学合理使用，保障了农产品产地环境和产品质量安全，较好地协调了经济效益、社会效益和生态效益的关系。2007年，通过发展绿色食品生产，全国有1500多万公顷的农田、草场、林地、水域受到环境监测、评价和保护。